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所有令人感兴趣的纳米材料都具有独特的性能，因此，尽管宣称具有危险性但不致影响其应用，而且已有许多有毒材料成功地用于半导体制造中，例如铅、汞与镉等。石墨烯的主要问题在于：
1，破坏活细胞功能：
石墨烯具有许多独特的功能，但最重要的是它经常是由天然矿物──石墨制造而来，其方式是经由化学或机械剥离方式分离碳薄层，形成可能产生吸入暴露的乾燥粉末。锋利的、小块的石墨烯很容易被分解掉。如果这些物质碎片与人类细胞发生接触，它们可以切开人体细胞并被其吸收。目前还不能完全确定人类长期接触石墨烯的后果。
2，污染环境：
石墨烯氧化物纳米颗粒能通过地表水迅速传播，这意味着，如果这种物质不小心流入湖中或河中，就会对动物、植物、甚至人类造成潜在危害。
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