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回文结构的意思是：双链DNA中含有的两个结构相同、方向相反的序列称为回文结构，每条单链以任一方向阅读时都与另一条链以相同方向阅读时的序列是一致的。回文结构序列是一种旋转对称结构，在轴的两侧序列相同而反向。当然这两个反向重复序列不一定是连续的。
回文结构在某些因素作用下，可形成茎环式的十字形结构和上面提到的发夹结构，这些结构形式都可以互相转变。回文结构普遍存在于细胞的DNA分子中，与遗传信息表达的调控和基因转移有关。Y染色体的5000万个碱基对中，约有600万个处于回文结构中，使得Y染色体在一定程度上能够自我修复有害的基因变异
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