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扫描电镜主要是针对具有高低差较大、粗糙不平的厚块试样进行观察，因而在设计上突出了景深效果，一般用来分析断口以及未经人工处理的自然表面。
工作原理：
扫描电镜电子枪发射出来的电子束，在加速电压的作用下，经过电磁透镜系统汇聚，形成一个细的电子束斑聚焦在样品表面，末级透镜上装有的扫描线圈可控制电子束在样品表面扫描，同时高能电子束作用在样品表面会激发出各种信号，主要包括：
二次电子、背散射电子、吸收电子、X射线、俄歇电子、阴极荧光和透射电子等，这些信号被相应的接收器接收，经放大后送到显像管的栅极上，调制显像管的亮度，电子束打到样品上一点，在显像管荧光屏上就出现一个亮点，扫描电镜就是这样采用逐点成像的方法，把样品表面不同的特征，按顺序成比例地转换为视频信号，从而使我们在荧光屏上观察到样品表面的各种特征图像。
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