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胭脂鱼的祖先可以追溯到恐龙统治的中生代。胭脂鱼最早的祖先叫做原始骨鳔鱼，据研究，这种鱼在侏罗纪的晚期出现在南美洲。原始骨鳔鱼有两大类：一种是原始脂鲤类；另一种是蛤类，这两大类后来到达了非洲。随着地球不断运动，非洲和南美洲在白垩纪的中期开始分离，所以在两大洲的胭脂鱼家族只能各自独立地生存进化。
到了古新世中期，非洲大陆与欧亚大陆的欧洲和亚洲西部连接了起来，非洲的这一支胭脂鱼的祖先向着亚洲和欧洲进军。但因受地质环境的改变以及第四纪冰期的影响，胭脂鱼开始逐渐消亡。到了中新世，一部分胭脂鱼在长江以及闽江这些场所生活下来；另一部分胭脂鱼在大约5000万年前就通过北美与亚洲连接的“陆桥”到了北美洲。北美独特的地质条件使胭脂鱼类在那里很好地繁衍。到了中新世中期，它们散布到整个北美洲，演化成了一个庞大的家族。
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