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主要有物理因素与化学因素。物理因素主要有高温、强烈紫外线；化学因素主要是蛋白质在强酸强碱、重金属、丙酮等的作用下导致蛋白质出现灭活从而引起变性。
1、物理因素：物理因素是因为蛋白质分子中的氢键被破坏，但并没有化学键的断裂或生成，不会有新物质的生成，只是一个物理变化。如外界的热射，以及食品的加热等，都会使蛋白质发生变性，尤其在夏季温度较高的情况下或者在烹饪时，高温加热可以使蛋白质发生变性，尤其时间较长后空间的结构发生改变，导致蛋白质的变形不可逆。
2、化学因素：蛋白质如果遭遇重金属或者强酸、强碱的作用后，也会发生变性，发生变性后。如果能够及时去除原因，可以使蛋白变性变为可逆，一旦时间较长使蛋白变形变为不可逆，而失去其原有的营养价值或者就成为了毒性的物质。
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