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黄喉拟水龟背甲长雄性118-138毫米，雌性95-138毫米；宽雄性79-94毫米，雌性69-102毫米，头较小，宽16-23毫米，光滑无鳞；吻部超出下颚，向内侧斜切；上颚正中略凹；鼓膜明显。
背甲平扁，具3条纵棱，脊棱明显，两侧较弱。颈盾小，呈梯形；椎盾5枚，第一、第五椎盾五边形，前宽后窄，其余各盾片呈六边形，宽大于长；肋盾4对，除最后一对外，其余均比相邻椎盾为宽；缘盾11对；臀盾1对，略呈方形。个别老年个体背甲各盾片凹陷皱缩，似呈蛛网状。甲桥明显，背腹甲以骨缝相接，腋盾和胯盾小。腹甲略短于背甲，前缘钝凹而上翘，后缘凹缺深，呈三角形；喉盾略呈楔形，前侧尖出呈犄角状；腹盾缝>胸盾缝>肱盾缝>喉盾缝。四肢扁平，前臂外侧具若干横排大鳞，指、趾全蹼，有爪。尾短细。
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